20款经典生物在线工具汇总

夏天

Promoter Scan
功能：启动子预测
网址：https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/



ORF Finder
功能：ORF预测
网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/



NCBI-BLAST
功能：序列比对
网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi



MUSCLE
功能：运行速度比较快的多序列比对
网址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/#



Clustal Omega
功能：DNA、RNA、蛋白的多序列比对
网址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/



ClustalW2
功能：应用较广泛的多序列比对
网址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/



T-Coffee
功能：准确度高,速度慢的多序列比对
网址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/



SimiTriX-SimiTetra
功能：多序列比对相似性展示
网址：http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php



Venn图
功能：绘制Venn图
网址：http://www.biovenn.nl/index.php



Venn图
功能：绘制Venn图
网址：http://bioinformatics.psb.ugent. ... calculate_venn.htpl



Venn图
功能：绘制Venn图
网址：http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html



WEGO
功能：绘制GO注释结果图
网址：http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl



CIRCOS
功能：绘制圈图
网址：http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/



CIRCexplorer
功能：进行circRNA分析
网址：http://circexplorer2.readthedocs.io/en/latest/



iPath
功能：进行可视化通路图在线分析
网址：http://pathways.embl.de/



KEGG
功能：进行基因的代谢通路注释
网址：http://www.kegg.jp/blastkoala/



UCSC
功能：进行基因组可视化
网址：http://genome.ucsc.edu/index.html



IBS
功能：进行序列结构示意图绘制
网址：http://ibs.biocuckoo.org/online.php



RAP
功能：在线分析RNA-seq
网址：https://bioinformatics.cineca.it/rap/



AUGUSTUS
功能：基因外显子内含子，UTR,注释
网址：http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/prediction/create



GSDS
功能：基因外显子内含子，UTR,domain等区域特征展示
网址：http://gsds.cbi.pku.edu.cn/